タンパク質に submodular を使ってみた

まずは、昨日の LMDE の続きだが、PC がスリープに入っていてダウンロードが終わっていなかった。
今日の夜にもう一度ダウンロードをするように設定した。

今日のメインは submodular でタンパク質のデータでどこが最密部分グラフなのかわかるかを調べてみることにした。
結果としては、以下の図のようになった。

基本的には３次元の図であって、密度の高いと判定されているところほど濃い色となっている。

これを見ると、案外意外なことにタンパク質(1GM2)の原子はグラフ的に密な部分が分散されている。

つぎに、これが min_norm_point で出力された xhat の値をソートしたものである。これに基づいて、小さい値がでているところを濃く、大きい値を薄くしたのが上の図である。

まだ結果が出たばかりで分からないところもあるので、もう少し計算を進めたい。

今日の作業内容：submodular 4h
今日のランチ：信華園 レバー野菜炒め
明日の予測作業時間：3h