2012年1月30日月曜日

SDPA 7.3.6 の準備

Debian 関係でメールがあり、MUMPS のバージョンアップにともなって、SDPA のパッケージも更新することとなった。
そこで、今までのスペルミスの修正などを反映したものを 7.3.6 とするために準備しているが、その過程で分かったことをメモしておく。

[1] Debian で dist-upgrade できなかったのを回避
see man 5 apt.conf
というエラーメッセージがでて、うまく upgrade できなかったが、これをなぜか回避できた。

細かく言うと、Debian Package 用の sid 環境を更新するために

# apt-get update
# apt-get upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたが、ここで
could not perform immediate configuration on 'libhdf5-serial-dev'.Please see man 5 apt.conf under APT::Immediate-Configure for details.
というメッセージで先に進めない。
いろいと試してみたが良くわからず。
そこで
# aptitude safe-upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたら、大丈夫だった。
どうやら、問題になっている libhdf5-serial-dev が safe-upgrade で一度削除されたようで、これで大丈夫になったようである。
このときに同時に削除された octave3.2-headers をあとで再インストールしたら、libhdf5-serial-dev も再インストールされた。
(octave3.2-headers は libhdf5-serial-dev に依存している)

[2] libquadmath に関する warning が出る。
これは、libquadmath.so にリンクしているけど、この関数をひとつも使っていない、という警告が出る。
ただ、これは configure スクリプトのときに gfortran のところで自動的に付加されるように設定されているので、警告を除外するのが難しい。
この警告はそのまま残してある。

[3] lintian が helper-templates-in-copyright というエラーを出す。
lintian は Debian パッケージのファイルの中で不具合がないかチェックするのであるが、いまひとつエラーメッセージを読んでもどう対応しないといけないのか分からない。
今回は、
Upstream Author(s):
の() が残っていたのが原因であった。
lintian がこのエラーを出す条件について、より詳しくは
http://lists.debian.org/debian-mentors/2011/09/msg00451.html
に書かれていた。

[4] update-alternatives --config liblapack.so.3gf
BLAS をこれまでの ATLAS から OpenBLAS に切り替えることにした。
そこで、liblapack.so も切り替える必要があり、上記のコマンドで
ATLAS 由来ではない liblapack.so を選択するようにした。
なお、SDPA-M をコンパイルするには、liblapack.a に -fPIC が
必要であるが、/usr/lib/lapack/liblapack.a は -fPIC が付加されていない。
そこで、liblapack-dev に代わって liblapack-pic を apt-get でインストール
すると、-fPIC が付加された /usr/lib/lapack/liblapack_pic.a を使えるようになる。


今日はまだ pbuilder を通せていないので、これについては確認が必要だ。

今日の作業内容: Debian 準備 4h
今日のランチ:味庵 にんにくの芽と豚肉の細切り炒め \700
明日の予測作業時間:5h

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