たんぱく質データをチェック中

SNLの計算のために pymol で見たり、たんぱく質データをチェック中である。
pymol での操作は、リファレンスカード
http://s3.myopenarchive.org/season1_doc_org/94.pdf
も役に立つが、これは一通り操作を知っている人がコマンドを思い出すときのものであって、素人の自分には難しかった。
あと、特定の原子間の距離がどの程度あるのか pymol で表示させるのは難しく、
http://ameblo.jp/yare-yare-78/theme-10020442933.html
に載っている方法を利用するが、どうも特定の原子をマウスで指定するのが難しい。
（原子についている番号で指定できるようだが、３次元表示しているとどの原子が何番で、どう書けば指定できるのかがいまひとつ分かりにくい。）

結局のところ、pymolの場合は、マニュアルを見たりするよりも、ウェブで検索して試行錯誤をするのが一番早いことが分かった。



ところで、今扱っている１３個のデータだが、調べてみると面白いことがあって、オングストロームに対してほぼ同じ距離で原子がある。
どういうことかというと、１オングストローム以内の原子ペアの数、２オングストローム以内の原子ペアの数 ... ７オングストローム以内の原子ペアの数を数え上げたときに、これらの原子ペアの総数に対して、それぞれのオングストローム内の原子ペアの数がほぼ同じなのである。

つまり、７オングストローム内でお互いに存在する原子ペアの数を N として、aオングストローム以内の原子ペア数を N(a) とすると、N(a)/N （ただし、a=1,...,7) が１３個のたんぱく質でほとんど同じ値になる。
これは不思議な現象でもあるので、PDBから必要なデータを取り出すルーチンでそのようにしているのかを確認したほうがよさそうだ。

今日の作業内容：論文読み 1h + たんぱく質データ計算 1h
今日のランチ：さか本 とろろめし丼膳
明日の予測作業時間：4h