投稿
昨日失敗していた pbuilder でのビルドは、debian/control のファイルで liblapack_pic に依存していることを明記したところ、問題なくビルドできるようになった。
Windows 版などのコンパイルも無事に成功したので、debian の mentors にファイルをアップロードしておいた。
http://mentors.debian.net/package/sdpa
にアップロードされたファイルがある。
これをあとはチェックしてもらって問題がなければ、7.3.6 が debian の sid(unstable) に登録されることとなる。
今日の作業内容： Debian パッケージの設定 3h + 論文読み 2h
今日のランチ：たちばな 真鯛
明日の予測作業時間：5h
2012年1月31日火曜日
2012年1月30日月曜日
SDPA 7.3.6 の準備
Debian 関係でメールがあり、MUMPS のバージョンアップにともなって、SDPA のパッケージも更新することとなった。
そこで、今までのスペルミスの修正などを反映したものを 7.3.6 とするために準備しているが、その過程で分かったことをメモしておく。
[1] Debian で dist-upgrade できなかったのを回避
see man 5 apt.conf
というエラーメッセージがでて、うまく upgrade できなかったが、これをなぜか回避できた。
細かく言うと、Debian Package 用の sid 環境を更新するために
# apt-get update
# apt-get upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたが、ここで
could not perform immediate configuration on 'libhdf5-serial-dev'.Please see man 5 apt.conf under APT::Immediate-Configure for details.
というメッセージで先に進めない。
いろいと試してみたが良くわからず。
そこで
# aptitude safe-upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたら、大丈夫だった。
どうやら、問題になっている libhdf5-serial-dev が safe-upgrade で一度削除されたようで、これで大丈夫になったようである。
このときに同時に削除された octave3.2-headers をあとで再インストールしたら、libhdf5-serial-dev も再インストールされた。
(octave3.2-headers は libhdf5-serial-dev に依存している)
[2] libquadmath に関する warning が出る。
これは、libquadmath.so にリンクしているけど、この関数をひとつも使っていない、という警告が出る。
ただ、これは configure スクリプトのときに gfortran のところで自動的に付加されるように設定されているので、警告を除外するのが難しい。
この警告はそのまま残してある。
[3] lintian が helper-templates-in-copyright というエラーを出す。
lintian は Debian パッケージのファイルの中で不具合がないかチェックするのであるが、いまひとつエラーメッセージを読んでもどう対応しないといけないのか分からない。
今回は、
Upstream Author(s):
の() が残っていたのが原因であった。
lintian がこのエラーを出す条件について、より詳しくは
http://lists.debian.org/debian-mentors/2011/09/msg00451.html
に書かれていた。
[4] update-alternatives --config liblapack.so.3gf
BLAS をこれまでの ATLAS から OpenBLAS に切り替えることにした。
そこで、liblapack.so も切り替える必要があり、上記のコマンドで
ATLAS 由来ではない liblapack.so を選択するようにした。
なお、SDPA-M をコンパイルするには、liblapack.a に -fPIC が
必要であるが、/usr/lib/lapack/liblapack.a は -fPIC が付加されていない。
そこで、liblapack-dev に代わって liblapack-pic を apt-get でインストール
すると、-fPIC が付加された /usr/lib/lapack/liblapack_pic.a を使えるようになる。
今日はまだ pbuilder を通せていないので、これについては確認が必要だ。
今日の作業内容： Debian 準備 4h
今日のランチ：味庵 にんにくの芽と豚肉の細切り炒め \700
明日の予測作業時間：5h
そこで、今までのスペルミスの修正などを反映したものを 7.3.6 とするために準備しているが、その過程で分かったことをメモしておく。
[1] Debian で dist-upgrade できなかったのを回避
see man 5 apt.conf
というエラーメッセージがでて、うまく upgrade できなかったが、これをなぜか回避できた。
細かく言うと、Debian Package 用の sid 環境を更新するために
# apt-get update
# apt-get upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたが、ここで
could not perform immediate configuration on 'libhdf5-serial-dev'.Please see man 5 apt.conf under APT::Immediate-Configure for details.
というメッセージで先に進めない。
いろいと試してみたが良くわからず。
そこで
# aptitude safe-upgrade
# apt-get dist-upgrade
としたら、大丈夫だった。
どうやら、問題になっている libhdf5-serial-dev が safe-upgrade で一度削除されたようで、これで大丈夫になったようである。
このときに同時に削除された octave3.2-headers をあとで再インストールしたら、libhdf5-serial-dev も再インストールされた。
(octave3.2-headers は libhdf5-serial-dev に依存している)
[2] libquadmath に関する warning が出る。
これは、libquadmath.so にリンクしているけど、この関数をひとつも使っていない、という警告が出る。
ただ、これは configure スクリプトのときに gfortran のところで自動的に付加されるように設定されているので、警告を除外するのが難しい。
この警告はそのまま残してある。
[3] lintian が helper-templates-in-copyright というエラーを出す。
lintian は Debian パッケージのファイルの中で不具合がないかチェックするのであるが、いまひとつエラーメッセージを読んでもどう対応しないといけないのか分からない。
今回は、
Upstream Author(s):
の() が残っていたのが原因であった。
lintian がこのエラーを出す条件について、より詳しくは
http://lists.debian.org/debian-mentors/2011/09/msg00451.html
に書かれていた。
[4] update-alternatives --config liblapack.so.3gf
BLAS をこれまでの ATLAS から OpenBLAS に切り替えることにした。
そこで、liblapack.so も切り替える必要があり、上記のコマンドで
ATLAS 由来ではない liblapack.so を選択するようにした。
なお、SDPA-M をコンパイルするには、liblapack.a に -fPIC が
必要であるが、/usr/lib/lapack/liblapack.a は -fPIC が付加されていない。
そこで、liblapack-dev に代わって liblapack-pic を apt-get でインストール
すると、-fPIC が付加された /usr/lib/lapack/liblapack_pic.a を使えるようになる。
今日はまだ pbuilder を通せていないので、これについては確認が必要だ。
今日の作業内容： Debian 準備 4h
今日のランチ：味庵 にんにくの芽と豚肉の細切り炒め \700
明日の予測作業時間：5h
2012年1月27日金曜日
Springer の Open Access が高かった
Math Prog の原稿をアップロードしたところ、Springer からメールがきて、従来通りの掲載か Open Access の掲載かを選ぶことができるようになっている、とのことであった。
従来通りであれば、読むことができるのは Math Prog を購読しているか、あるいは論文ごとに購入した場合に限られる。
逆に Open Access であれば、だれでも無料で読むことができる。
本来であれば、Open Access のほうがいいと思うのだが、Open Access にするには 2000 ユーロを支払う必要がある。
システム維持などに必要な金額、という意味では分かるが、さすがに 2000 ユーロは高すぎるので、今回は従来通りの掲載とした。
やはり、論文一本にパソコン２台ずつの金額を追加で支払うことになるのは厳しいし、Math Prog の場合は読む人はほぼ Math Prog を購読していると思われるので 2000 ユーロほどの追加価値があるとは考えにくかった。
今日の作業内容：論文読み 3h
今日のランチ：ちゅらさん ソーキのカレー煮定食
明日の予測作業時間：2h
従来通りであれば、読むことができるのは Math Prog を購読しているか、あるいは論文ごとに購入した場合に限られる。
逆に Open Access であれば、だれでも無料で読むことができる。
本来であれば、Open Access のほうがいいと思うのだが、Open Access にするには 2000 ユーロを支払う必要がある。
システム維持などに必要な金額、という意味では分かるが、さすがに 2000 ユーロは高すぎるので、今回は従来通りの掲載とした。
やはり、論文一本にパソコン２台ずつの金額を追加で支払うことになるのは厳しいし、Math Prog の場合は読む人はほぼ Math Prog を購読していると思われるので 2000 ユーロほどの追加価値があるとは考えにくかった。
今日の作業内容：論文読み 3h
今日のランチ：ちゅらさん ソーキのカレー煮定食
明日の予測作業時間：2h
2012年1月26日木曜日
MathProg に原稿ファイルを提出
以前に Accept された論文について、原稿ファイルを送ってほしいときたので、ファイルを最終調整して提出した。
ところで、MathProg の提出先はインドの FTP サイトになっているのだが、他の人も同じところにアップロードしているように見える。
ひょっとしたら、アカウント名とパスワードが共通なのかもしれない。
ちょっと不思議なシステムだ。
今日の作業内容：原稿提出 2h
今日のランチ：シッダルータ ベジタブルカレー
明日の予測作業時間：4h
ところで、MathProg の提出先はインドの FTP サイトになっているのだが、他の人も同じところにアップロードしているように見える。
ひょっとしたら、アカウント名とパスワードが共通なのかもしれない。
ちょっと不思議なシステムだ。
今日の作業内容：原稿提出 2h
今日のランチ：シッダルータ ベジタブルカレー
明日の予測作業時間：4h
2012年1月25日水曜日
mendeley が非常に便利
この前、bibtex 生成用に導入した mendeley であるが、bibtex だけでなく論文情報の共有が有益であることが分かった。
たとえば、SDP のサーベイでは Todd の semidefinite optimization があるが、この論文の情報は
http://www.mendeley.com/research/semidefinite-optimization/
にある。
ここで、下のほうを見ると分かるように、この論文をチェックしている人が他にどの論文もチェックしているかが分かるのである。
まだ利用人数が少ないのでチェックしている論文数も少ないが、この機能はかなり便利である。
今日の作業内容：論文読み 3h
今日のランチ：味庵 回鍋肉
明日の予測作業時間：3h
たとえば、SDP のサーベイでは Todd の semidefinite optimization があるが、この論文の情報は
http://www.mendeley.com/research/semidefinite-optimization/
にある。
ここで、下のほうを見ると分かるように、この論文をチェックしている人が他にどの論文もチェックしているかが分かるのである。
まだ利用人数が少ないのでチェックしている論文数も少ないが、この機能はかなり便利である。
今日の作業内容：論文読み 3h
今日のランチ：味庵 回鍋肉
明日の予測作業時間：3h
2012年1月24日火曜日
タンパク質データと量子化学の直感
今計算しているタンパク質の１３個のデータのうち、1F39 だけが精度が低くなってしまう。
そこで、pymol で 1F39 を表示してみているが、量子化学の直感がないため、どうしてこれが開発中の手法でうまく計算できないかがよく分かっていない。
次のデータとして使っている 1RGS については、それなりの精度がでており、これと 1F39 の差のどういった点に注目すべきなのか、それが問題である。
それにしても、pymol の場合には、
PyMOL を使ってみよう
のサイトにあるスクリプトを使うと、タンパク質名が分かっていれば２行コマンドを実行するだけで３次元構造を表示してくれるので、とても便利である。
Ubuntu や Debian であれば、
$ sudo apt-get install pymol
だけでインストールできる。
今日の作業内容：pymol チェック 2h + 論文読み 3h
今日のランチ：らく 鶏の照り焼き定食
明日の予測作業時間：4h
そこで、pymol で 1F39 を表示してみているが、量子化学の直感がないため、どうしてこれが開発中の手法でうまく計算できないかがよく分かっていない。
次のデータとして使っている 1RGS については、それなりの精度がでており、これと 1F39 の差のどういった点に注目すべきなのか、それが問題である。
それにしても、pymol の場合には、
PyMOL を使ってみよう
のサイトにあるスクリプトを使うと、タンパク質名が分かっていれば２行コマンドを実行するだけで３次元構造を表示してくれるので、とても便利である。
Ubuntu や Debian であれば、
$ sudo apt-get install pymol
だけでインストールできる。
今日の作業内容：pymol チェック 2h + 論文読み 3h
今日のランチ：らく 鶏の照り焼き定食
明日の予測作業時間：4h
2012年1月23日月曜日
vmware は、そろそろ潮時かもしれない
ここのところの流れで open-vm-tools などを調べていたが、今日調べたところでは、
1. Debian testing は、ethernetやHDDを見つけることができず、インストール失敗
2. Lubuntu 12.04 の alpha1 は、インストールまではできたが、起動時に X を実行できず
ということが分かった。
いままで vmplayer で Linux の動作環境などを調べていたが、vmplayer が64bit OS にしかホストが対応できなくなった、また open-vm-tools のように外側で支えるところも弱くなってきているなど、vmware の開発人材が足りないことがうかがい知れる場面が増えてきており、そろそろ vmware からの撤退も視野に入れるべきだと考えている。
そこで、代替として virtual box を検討することにしようと考えている。
いずれにしても、データのバックアップなどやるべきことは多いので、もう少し検討が必要ではある。
今日の作業内容：Debian などチェック 3h + 本読み 2h
今日のランチ：角笛 ミックスフライ
明日の予測作業時間：5h
登録:
投稿 (Atom)