tag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.comments2023-08-13T01:47:37.388+09:00SDPARA を開発しようMargarethttp://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comBlogger35125tag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-42417236440463019402012-08-27T21:05:24.085+09:002012-08-27T21:05:24.085+09:00たくさん、お世話になりました。
次は ICCOPT とか、INFORMS とかのあたり、行けるといい...たくさん、お世話になりました。<br />次は ICCOPT とか、INFORMS とかのあたり、行けるといいですね~。<br />ICCOPT はリスボンも楽しいでしょうし、連続最適化の話がたくさん聞けるでしょうし。<br />Margarethttps://www.blogger.com/profile/14581176378009282945noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-21018541405403504132012-08-27T20:17:29.176+09:002012-08-27T20:17:29.176+09:00お疲れ様でした.
またなにかの機会にご一緒できると嬉しいです.お疲れ様でした.<br />またなにかの機会にご一緒できると嬉しいです.mirainoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-89769389991240210572011-08-22T12:37:13.852+09:002011-08-22T12:37:13.852+09:00そうそう, VMware Converter で
新しい PC のハードウエアを仮想化して持ってくる...そうそう, VMware Converter で<br />新しい PC のハードウエアを仮想化して持ってくる<br />方法がある. 面倒だから Unity-2D で十分だ.Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-72628557722948507482011-08-22T12:32:29.012+09:002011-08-22T12:32:29.012+09:00Linux 100% を読んで Ubuntu (11.04) を初めて使った.
VMware のバー...Linux 100% を読んで Ubuntu (11.04) を初めて使った.<br />VMware のバージョンが超古いので, Unity は動かなかった.<br />ホスト PC のハードウエアが対応していれば, xdmcp 経由で接続できる.<br />http://blog.goo.ne.jp/takuminews/e/8fbc3e56d66758a96cde16b90424bd42<br />ホスト PC のハードウエアも超古いのでダメだった.<br />結局, ゲスト OS に Unity-2D を入れた.<br />http://blog.isnext.net/issy/archives/1062Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-44207041774938090682011-08-22T10:28:51.511+09:002011-08-22T10:28:51.511+09:00> 今日の作業内容: 論文読み3h + インストール 5h (途中、並行作業)
免疫学の論文...> 今日の作業内容: 論文読み3h + インストール 5h (途中、並行作業)<br /><br />免疫学の論文Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-77624668748170389082011-07-14T18:59:21.846+09:002011-07-14T18:59:21.846+09:00匿名さん、お役に立てたようで何よりです。匿名さん、お役に立てたようで何よりです。Margaretnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-36888388716557542952011-07-14T18:52:58.809+09:002011-07-14T18:52:58.809+09:00簡単にきれいになりました、ありがとう。簡単にきれいになりました、ありがとう。Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-64013786504475334572011-02-15T08:20:36.298+09:002011-02-15T08:20:36.298+09:00いま使っているのは、Debian にアップロードしてあるのと同じSDPA 7.3.4 です。
SDP...いま使っているのは、Debian にアップロードしてあるのと同じSDPA 7.3.4 です。<br />SDPA のコマンドラインからは -numThreads を指定していないので、F1 を実行しているのは現状では1スレッドだけです。<br />なので、とりあえず、daxpy の中かなぁ、と思ってもいます。<br /><br />そちらの最新版も試して比較して、ほんとに daxpy で遅くなっているのかどうか確認してみたいところでもあります。Margarethttps://www.blogger.com/profile/14581176378009282945noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-78607803727839210082011-02-15T02:03:23.811+09:002011-02-15T02:03:23.811+09:00この SDPA のソースってどのバージョンでしょうか?
最新版では、このスレッドの衝突の問題は回避し...この SDPA のソースってどのバージョンでしょうか?<br />最新版では、このスレッドの衝突の問題は回避してありますので(根本的に解決するのは難しいですが)、SDPA(マルチスレッド)+GotoBLAS2(マルチスレッド)で controll11.dat-s は 25秒程度で解けます(Intel Xeon X5670 x 2 = 12コア)。Fujisawahttp://blog.goo.ne.jp/sdpaninf/noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-74379295348908332242010-12-26T09:55:09.592+09:002010-12-26T09:55:09.592+09:00匿名さん、コンパイルできてよかったです。
もしうまく行かないことがあったら、またコメントを書いてくだ...匿名さん、コンパイルできてよかったです。<br />もしうまく行かないことがあったら、またコメントを書いてください。<br />では。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-73473494652895123332010-12-25T22:11:38.816+09:002010-12-25T22:11:38.816+09:00試行錯誤のすえ,やっとコンパイルすることができました.
ありがとうございます.試行錯誤のすえ,やっとコンパイルすることができました.<br />ありがとうございます.Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-56452824124961867252010-12-23T20:39:44.891+09:002010-12-23T20:39:44.891+09:00えっと、pthread がうまくリンクできていない状態ですね。
自分の場合も試行錯誤でようやくできて...えっと、pthread がうまくリンクできていない状態ですね。<br />自分の場合も試行錯誤でようやくできていたりします。<br /><br />pthread と lapack をコンパイルするためのスクリプトについては、<br />http://margaret-sdpara.blogspot.com/2010/12/pthread-win32-lapack-on-mingw32.html<br />に載せてあるので、参考にしてください。<br /><br />あと、メールなどでの問い合わせは、<br />http://sdpa.indsys.chuo-u.ac.jp/sdpa/contact.html<br />を参考にお願いします。<br />開発者全体に送ってもらっても対応しますし、個別のホームページからアドレスを見つけてそちらに送ってもらっても対応します。<br /><br />よろしくお願いします。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-65234955460969750002010-12-23T18:42:33.995+09:002010-12-23T18:42:33.995+09:00素早い返答,ありがとうございます.
私がLinux上でのプログラミングに不慣れなため,これほど多くの...素早い返答,ありがとうございます.<br />私がLinux上でのプログラミングに不慣れなため,これほど多くのヒントをいただいておきながら,いまだ解決できずにいます...<br />configure の設定で<br /><br />configure: error: Pthread link failed<br /><br />とエラーがでているので,pthreadのパス設定に問題があるのだと考えられます.<br />パスの設定について教えていただけませんでしょうか?<br /><br />また,メールでの質問の場合,何処宛で送ればよろしいでしょうか?<br />よろしくお願いします.Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-33510668706864457512010-12-23T12:04:59.554+09:002010-12-23T12:04:59.554+09:00匿名さん、こんにちは。
sdpa-7.3.1 だと configure が mingw に対応しきっ...匿名さん、こんにちは。<br />sdpa-7.3.1 だと configure が mingw に対応しきってないので、sdpa-7.3.4 にしてください。<br />まだ SDPA の Web page に載せていませんが、Debian から<br />ダウンロードできます。(Web page に載せるのは、7.3.5 以降になる予定です。)<br />ダウンロードは、<br /><br />http://ftp.de.debian.org/debian/pool/main/s/sdpa/sdpa_7.3.4.dfsg.orig.tar.gz<br /><br />です。<br />これには、MUMPS_4.8.4.tar.gz が含まれていないので、sdpa-7.3.1 のディレクトリにある MUMPS_4.8.4.tar.gz を mumps ディレクトリにコピーしてください。<br /><br />configure については、<br /> export CFLAGS="-D__CLEANUP_C -O3 -finline-functions -DPTW32_BUILD_INLINED -D<br />PTW32_STATIC_LIB -I. -DHAVE_CONFIG_H -Wall"<br /> export CXXFLAGS="${CFLAGS}"<br /> export FCFLAGS="${CFLAGS}"<br /> ./configure --prefix=${どこか}/sdpa-install \<br /> --build=x86_64-unknown-linux-gnu \<br /> --host=i586-mingw32msvc \<br /> --target=i586-mingw32msvc \<br /> --with-blas=${どこか}/lapack-current/blas_LINUX.a \<br /> --with-lapack=${どこか}/lapack-current/lapack_LINUX.a \<br /> --with-pthread-include="-I${MINGW_BASE}/pthreads-current" \<br /> --with-pthread-libs=${どこか}/pthreads-current/libpthreadGC2.a \<br /> --with-mumps-libs=NO_MUMPS<br />のように指定して、あとは<br /> make<br /> make install<br />でコンパイルができます。<br />いちおう make install できますが、実際に使うのは sdpa.exe だと思うのでこれを使ってください。<br />(できたバイナリが sdpa の時には sdpa.exe にしないと<br />Windows では実行できません。)<br /><br />もし、他にもあればメールで聞いてくれてもOKです。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-91252340096626274572010-12-23T09:29:32.031+09:002010-12-23T09:29:32.031+09:00sdpa-7.3.1を使用してコンパイルを行ったのですが,
sdpa-7.3.1のMakefileの...sdpa-7.3.1を使用してコンパイルを行ったのですが,<br />sdpa-7.3.1のMakefileの編集において,<br /><br />200c200<br />< FCLIBS =<br />> FCLIBS = -L/usr/lib/gcc/i586-mingw32msvc/4.4.4 -L/usr/lib/gcc/i586-mingw32msvc/4.4.4/../../../../i586-mingw32msvc/lib (pthreadのどっか)/lib/libpthreadGC2.a -lgfortranbegin -lgfortran -lmingw32 -lmoldname -lmingwex -lmsvcrt -luser32 -lkernel32 -ladvapi32 -lshell32<br /><br />の部分が見つからず,コンパイルが行えません.<br />どのように読み変えればよいでしょうか?Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-65912899793111220262010-11-17T22:27:43.605+09:002010-11-17T22:27:43.605+09:00なるほど。
make での TARGET で指定する方法があるんですね。
ソースの中の #defin...なるほど。<br />make での TARGET で指定する方法があるんですね。<br />ソースの中の #define をいじるよりもスマートな方法ですね。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-47754864417142009402010-11-15T13:42:47.159+09:002010-11-15T13:42:47.159+09:00It can't detect CPU automatically.
use:
make T...It can't detect CPU automatically.<br />use:<br />make TARGET=NEHALEM will do ;)Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-52952953936712941712010-10-19T15:38:53.982+09:002010-10-19T15:38:53.982+09:00あんまり良く覚えてないのですが、簡単にいうと、
「SDP の主問題の変数行列と双対問題の変数行列は ...あんまり良く覚えてないのですが、簡単にいうと、<br />「SDP の主問題の変数行列と双対問題の変数行列は Legendre 変換で結ばれている」<br />ということが知られているので、<br /><br />主問題の変数行列を電子密度行列にすると、双対問題の変数行列がある状態の Hamiltonian のはず、と考えたところ<br /><br />だったかと思います。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-68003832236496879192010-10-15T19:15:59.782+09:002010-10-15T19:15:59.782+09:00> ある状態の Hamiltonian は電子密度行列の Legendre 変換で結ばれている...> ある状態の Hamiltonian は電子密度行列の Legendre 変換で結ばれている。<br /><br />よくわかりませんでした。またメールなりで教えてください。NAKATA, Mahohttps://www.blogger.com/profile/08747880779117098781noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-79725511296090619192010-03-02T10:50:00.825+09:002010-03-02T10:50:00.825+09:00O(n+m) 中、multi edge の check は O(m) なので、よく考えずに buck...O(n+m) 中、multi edge の check は O(m) なので、よく考えずに bucket-sort は O(n) かと早合点してしまいました。おっしゃる通り O(m) ですね。O(n) は必要なバケット数です。となると、O(m) + O(m) + O(m) = O(m) で済むのではないでしょうか。。安井http://blog.goo.ne.jp/u1low_cheap/noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-14547719284902355292010-03-01T19:45:38.028+09:002010-03-01T19:45:38.028+09:00あ、間違っているかもしれないので、もし間違いに気がついたら、
そっと
訂正しておいてください...あ、間違っているかもしれないので、もし間違いに気がついたら、<br /><br /><br />そっと<br /><br /><br />訂正しておいてください。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-62811305880279095472010-03-01T19:29:00.031+09:002010-03-01T19:29:00.031+09:00えっと、たぶん終点ソートは O(m) かかるんじゃないかと。(全ての枝をチェックしないといけないので...えっと、たぶん終点ソートは O(m) かかるんじゃないかと。(全ての枝をチェックしないといけないので。)<br /><br />たぶん、O(n) は、バケツソートのバケツの初期化にかかる時間じゃないかと、推測しました。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-468968863024023402010-02-27T11:47:50.089+09:002010-02-27T11:47:50.089+09:00訂正です。点数で sort するので、O(n) でしたね。
(終点 sort) + (始点 sort...訂正です。点数で sort するので、O(n) でしたね。<br />(終点 sort) + (始点 sort) + (multi edge の check) で、O(n) + O(n) + O(m) = O(n+m) かと。安井http://blog.goo.ne.jp/u1low_cheapnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-1205202165525920142010-02-27T03:09:39.335+09:002010-02-27T03:09:39.335+09:00グラフ表現に forward-star を使うと始点順に並びますので、都合が良さそうですね。「もちは...グラフ表現に forward-star を使うと始点順に並びますので、都合が良さそうですね。「もちはもち屋」のもち屋になりたいです。安井http://blog.goo.ne.jp/u1low_cheap/noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7487892385334084014.post-16923047190045437962010-02-26T21:26:05.947+09:002010-02-26T21:26:05.947+09:00Yes, that's right!!
帰りの電車と夕飯の準備と夕飯を食べているときに考え...Yes, that's right!!<br /><br />帰りの電車と夕飯の準備と夕飯を食べているときに考えていたところ、かぼちゃを食べているときに<br /><br />バケツソートの2段掛けか!!<br /><br />と気がつきました。<br />で、記事を修正しようと思ってたら、すでに先を越されてみました。<br />やはり、「もちはもち屋」ですね。Margarethttps://www.blogger.com/profile/12298449211746079645noreply@blogger.com