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今日で2009年も仕事納め。
ということで、今日はそれほど急がずにゆっくりと作業をした。
あと、SNL の計算は、やはり理由がいまひとつ解からないので、これは越年で頑張ろうと思う。
あと、CUDA のOpenGL を使っているサンプルプログラムは、ssh 経由だとやはり失敗する。
$ glxinfo grep rendering
とすると、
direct rendering: No
となって表示できないことがわかる。本体に直結しているディスプレイなら表示できるが、起動時にディスプレイに接続してディスプレイに電源を入れておかないと、ディスプレイをきちんと認識できないようで、この場合は本体直結のディスプレイでも失敗する。
結局、ディスプレイの電源を入れて reboot したら direct rendering: Yes となって、ディスプレイには表示できるようになった。
今日の作業内容: SNL 計算 3h + CUDA 下調べ 2h
今日のBGM: Romancing Saga3 OST [1-3], 小松未歩 [7,8]
今日のランチ: 味庵 酢豚
明日の予測作業時間: ??
来年の予測作業時間: すごくたくさん
今日は仕事納めなので、もう少し書いておく。
今年のお仕事は、当初予定に比べると 80% 程度の進行状況だったかと思う。
論文のひとつが思いっきり時間がかかってしまい、もうひとつの論文も遅れることになってしまった。
やはり、仕事は〆切を決めて、それから逆算するスケジュールを確立しないといけない。
特に並列計算は数値実験に時間がかかるので、このあたりは注意したい。
ただ、論文については、共著が思っていたよりも多くなったので、それは良かった、と思う。
来年は 1st author の論文を増やせるように頑張ろう。
仕事内容としては、この年末でかなり大き目の区切りとなるので、今後どうするかもそろそろ考えたいところ。
ぼちぼち相対性理論のほうの面白そうな枠組みを本格的に取り組んでみたい気もするけど、いきなり大掛かりにはできないので、小さいところからスタートしてみようと思う。
2009年は思っていた以上に楽しかった。2010年は、もっと楽しくしようと思う。
2009年12月26日土曜日
SNL の計算
今日は、SNL の計算のプログラムを確認。
いくつかの条件があるときに、SDP で解くとSNLの唯一の解になる、という定理があって、それを確認している。
条件には大きく分けて２段階あって、２段階目が正しく動作していることは確認できているのだが、なぜか唯一の解のところに一致しない。
やはり、１段階目を確認しなおさないとダメなようだ。検算用には、計算時間がかかっても今までと違ったアルゴリズムで確認したいので、どういったアルゴリズムがあるかを確認したいところだ。
まぁ、５頂点＋４センサーなので、人間が頑張れば何とかなる範囲かもしれない。
今日の作業内容: SNL の確認 5h
今日のBGM: かぜよみ, マクロス V-Col [2]
明日の予測作業時間: 3h
いくつかの条件があるときに、SDP で解くとSNLの唯一の解になる、という定理があって、それを確認している。
条件には大きく分けて２段階あって、２段階目が正しく動作していることは確認できているのだが、なぜか唯一の解のところに一致しない。
やはり、１段階目を確認しなおさないとダメなようだ。検算用には、計算時間がかかっても今までと違ったアルゴリズムで確認したいので、どういったアルゴリズムがあるかを確認したいところだ。
まぁ、５頂点＋４センサーなので、人間が頑張れば何とかなる範囲かもしれない。
今日の作業内容: SNL の確認 5h
今日のBGM: かぜよみ, マクロス V-Col [2]
明日の予測作業時間: 3h
2009年12月25日金曜日
CUDA インストール
昨日きた計算機は、Quadro FX 1800 を２枚刺しているので、CUDA を実行できる。
そこで、とりあえず CUDA をインストールしてみた。
デバイスが見つからない、というエラーメッセージが出て苦労したが、どうやら Xorg が起動していないとダメなようだ。(init 3 で起動していたので、Xorg が起動していなかった。）
とりあえず Bandwidth を調べてみたところ、以下のような数字になった。
あ、今日は DONLP2 をするはずだったのに。ちょっと寄り道してしまった。
明日は、DONLP2 を頑張ろう。
今日の作業内容: CUDA 3h + その他 4h
今日のBGM: マクロスF OST [1-2], ARIA OST [1-3]
今日のランチ: たちばな ちらし
明日の予測作業時間: 5h
そこで、とりあえず CUDA をインストールしてみた。
デバイスが見つからない、というエラーメッセージが出て苦労したが、どうやら Xorg が起動していないとダメなようだ。(init 3 で起動していたので、Xorg が起動していなかった。）
とりあえず Bandwidth を調べてみたところ、以下のような数字になった。
あと、動的計画法を CUDA で解いている文献を見つけたので、それも参考にしようと思う。
Running on......
device 0:Quadro FX 1800
Quick Mode
Host to Device Bandwidth for Pageable memory
.
Transfer Size (Bytes) Bandwidth(MB/s)
33554432 2849.8
Quick Mode
Device to Host Bandwidth for Pageable memory
.
Transfer Size (Bytes) Bandwidth(MB/s)
33554432 2406.6
Quick Mode
Device to Device Bandwidth
.
Transfer Size (Bytes) Bandwidth(MB/s)
33554432 29831.5
&&&& Test PASSED
Press ENTER to exit...
あ、今日は DONLP2 をするはずだったのに。ちょっと寄り道してしまった。
明日は、DONLP2 を頑張ろう。
今日の作業内容: CUDA 3h + その他 4h
今日のBGM: マクロスF OST [1-2], ARIA OST [1-3]
今日のランチ: たちばな ちらし
明日の予測作業時間: 5h
2009年12月24日木曜日
計算機の設定
今日は、新しい計算機の設定で一日を使った。
OSは RHEL 5.4 で、追加したソフト類は
EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux)
git
mpich2
gcc44
python2.5
特に、EPEL をインストールしておくと、git,mpich2,gcc44 などが yum 経由でインストールできるので、とても便利である。
あと、python2.5 については、
こちらのページ
を参考にしてインストールした。
ほぼ一通りのことはできるようになったので、設定はこれでOKかと思う。
明日は、先送りになっていた DONLP2 の論文のチェック。だいぶ先送りになっていたので、最初から読み直したほうが効率的かもしれない。
今日の作業内容: 計算機の設定 3h + その他 3h
今日のBGM: マクロスF OST [1-2], FF12 OST [1]
今日のランチ: シッダルータ ほうれんそうとチキンのカレー
明日の予測作業時間: 6h
OSは RHEL 5.4 で、追加したソフト類は
EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux)
git
mpich2
gcc44
python2.5
特に、EPEL をインストールしておくと、git,mpich2,gcc44 などが yum 経由でインストールできるので、とても便利である。
あと、python2.5 については、
こちらのページ
を参考にしてインストールした。
ほぼ一通りのことはできるようになったので、設定はこれでOKかと思う。
明日は、先送りになっていた DONLP2 の論文のチェック。だいぶ先送りになっていたので、最初から読み直したほうが効率的かもしれない。
今日の作業内容: 計算機の設定 3h + その他 3h
今日のBGM: マクロスF OST [1-2], FF12 OST [1]
今日のランチ: シッダルータ ほうれんそうとチキンのカレー
明日の予測作業時間: 6h
2009年12月22日火曜日
2009年12月21日月曜日
SDPA-Python Interface on Mac OS X
今日は、Linux で確認してあった SDPA-Python Interface がきちんと Mac OS X 上でも動くかどうかを確認。
Mac OS X の場合、shared library が Linux とは少し違うので、コンパイラオプションなどを変更する必要がある。
まず、コンパイルするときに、gcc に
Linux なら -shared をつけるが、Mac OS X の場合には -dynamic が基本。
ただし、Python が絡むと、これではうまくいかず、-undefined dynamic_lookup -bundle をつけることになる。(参考にしたのは、このページ）
面倒なので、Makefile に以下のような記述を追加。
あと、Matlab の mex で気がついたが、mex で CXX=g++-4 を渡すと、libgfortran.a の場所を自動的には発見できない。-L/sw/lib/gcc4.3/lib などで明示的に渡す必要がある。
ほかに、Linux でどの shared library を使っているかは、
$ ldd ???.so
であるが、Mac OS X では、ldd がないので、
$ otool -L ???.so
で対応する。なお、Mac OS X の shared library の拡張子は本来 dylib であるが、python の場合は so でも正常に動作する。（というか、dylib の方を試していない。）
とりあえず、Mac OS X でも Python Interface で問題を解くことに成功。
あと、投稿用の文章は、一通り英語の校正が終了。数値実験は、残りは PCSDP のみ。おそらく、PCSDP の実験は SDPARA の実行時間から予測すると、年をまたぎそうだ。
明日はすこし時間ができそうなので、久しぶりに DONLP2 の方をチェックしよう。
今日の作業内容: 投稿用文章 1h + Python 4h
今日のBGM: FF12 OST [1,2,4]
今日のランチ: らく 焼魚定食
明日の予測作業時間: 5h
Mac OS X の場合、shared library が Linux とは少し違うので、コンパイラオプションなどを変更する必要がある。
まず、コンパイルするときに、gcc に
Linux なら -shared をつけるが、Mac OS X の場合には -dynamic が基本。
ただし、Python が絡むと、これではうまくいかず、-undefined dynamic_lookup -bundle をつけることになる。(参考にしたのは、このページ）
面倒なので、Makefile に以下のような記述を追加。
これで、gcc $(SHARED_OPTION) とすれば、大丈夫。
SHARED_OPTION = -shared
ifeq ($(OS),Darwin)
SHARED_OPTION = -undefined dynamic_lookup -bundle
endif
あと、Matlab の mex で気がついたが、mex で CXX=g++-4 を渡すと、libgfortran.a の場所を自動的には発見できない。-L/sw/lib/gcc4.3/lib などで明示的に渡す必要がある。
ほかに、Linux でどの shared library を使っているかは、
$ ldd ???.so
であるが、Mac OS X では、ldd がないので、
$ otool -L ???.so
で対応する。なお、Mac OS X の shared library の拡張子は本来 dylib であるが、python の場合は so でも正常に動作する。（というか、dylib の方を試していない。）
とりあえず、Mac OS X でも Python Interface で問題を解くことに成功。
あと、投稿用の文章は、一通り英語の校正が終了。数値実験は、残りは PCSDP のみ。おそらく、PCSDP の実験は SDPARA の実行時間から予測すると、年をまたぎそうだ。
明日はすこし時間ができそうなので、久しぶりに DONLP2 の方をチェックしよう。
今日の作業内容: 投稿用文章 1h + Python 4h
今日のBGM: FF12 OST [1,2,4]
今日のランチ: らく 焼魚定食
明日の予測作業時間: 5h
2009年12月18日金曜日
英語の勉強
今日は、業者さんに添削してもらった英語をチェック。さすがにネイティブにチェックしてもらうと、英語がきちんとする。ここで、英語がどう変わったかを見ることで、今後の自分の英語にも反映していこう。（英語の文章には、まだまだ改善の余地があるため。）
投稿用の文章は、ある程度のラフスケッチは終了。これで数値実験結果を待って、文章をアップデートしていけばOKなはず。PCクラスタのスピードによっては、正月に入る前に終われるかもしれない。
今日の作業内容: 英語チェック 2h + 投稿用文章 2h
今日のBGM: NOIR OST [1-2], MADLAX OST [1-2]
今日のランチ: つかさ サワラ西京焼き
明日の予測作業時間: 4h
投稿用の文章は、ある程度のラフスケッチは終了。これで数値実験結果を待って、文章をアップデートしていけばOKなはず。PCクラスタのスピードによっては、正月に入る前に終われるかもしれない。
今日の作業内容: 英語チェック 2h + 投稿用文章 2h
今日のBGM: NOIR OST [1-2], MADLAX OST [1-2]
今日のランチ: つかさ サワラ西京焼き
明日の予測作業時間: 4h
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