計算サーバーのホームディレクトリ、吹っ飛ぶ

自分(Debian)のところではMatlab関係でうまく計算できないものがあったので、計算サーバー(RedHat)で実行しようとして rsync で
$ rsync あるディレクトリ/ 計算サーバー:
としたところ、計算サーバーのホームディレクトリがすべて「あるディレクトリ」に同期されてしまった。
ここまでの計算サーバーのホームディレクトリが消えてなくなってしまった。

はっきりと単純ミスではあるのだが、今回はこれを踏まえてどんなファイルを計算サーバーに移せばいいのかをメモすることにした。

1. .bashrc
2. .emacs (Debian で利用しているものを流用)
3. .matlab.el, matlab 用 startup.m
4. SDPA のベンチマーク dat-s 一式

5. OpenBLAS を git でダウンロードしてコンパイル
    このとき shared library にすると gprof での統計にカウントされなくなってしまうので、以下のようにして make にターゲットを指定している。

  rm -rf OpenBLAS
  git clone git://github.com/xianyi/OpenBLAS
  cd OpenBLAS
  make NO_WARMUP=1 libs netlib


6. SDPA を git でコピーしてコンパイル(これで足りてないソフトなどがだいたいわかる)

7. SuiteSparse & metis のコンパイル
   CHOLMOD をSDPA-Cで利用するためにインストールする


  rm -rf SuiteSparse
  wget http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/SuiteSparse-4.0.2.tar.gz
  tar xzf SuiteSparse-4.0.2.tar.gz
  cd SuiteSparse
  wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/OLD/metis-4.0.3.tar.gz
  tar xzf metis-4.0.3.tar.gz
  mv metis-4.0.3 metis-4.0
  cd metis-4.0
  echo "CC = gcc" >> Makefile.in
  echo "OPTFLAGS = -O3" >> Makefile.in
  make
  cd ..
  CC=gcc make


8. SDPA-C のコンパイル
以下のディレクトリを設定しておいて、
  SSDIR=SuiteSparseのディレクトリ
  OBLASDIR=OpenBLASのディレクトリ
  MUMPSDIR= MUMPS のディレクトリ(SDPA のコンパイルで mumps もビルドしていれば、sdpa7/mumps/buildが使える)

  このときに以下のような Makefile になる。

sdpa-c: $(OBJ)
g++ $(OPTION) -o $@ $(OBJ) \
-L$(SSDIR)/CHOLMOD/Lib -lcholmod \
-L$(SSDIR)/CCOLAMD/Lib -lccolamd \
-L$(SSDIR)/COLAMD/Lib  -lcolamd \
-L$(SSDIR)/CAMD/Lib    -lcamd \
-L$(SSDIR)/AMD/Lib     -lamd \
-L$(SSDIR)/metis-4.0   -lmetis \
-L$(SSDIR)/SuiteSparse_config -lsuitesparseconfig \
-L$(MUMPSDIR)/lib -ldmumps -lmumps_common -lpord \
-L$(MUMPSDIR)/libseq -lmpiseq \
-L$(OBLASDIR) -lopenblas -lgfortran \
-lrt

.cpp.o:
g++ $(OPTION) -c -o $@ -I. \
-I$(SSDIR)/CHOLMOD/Include -I$(SSDIR)/SuiteSparse_config \
-I$(MUMPSDIR)/include \
-DVERSION=\"SDPAC-Rewriting\" \
$<

9. SeDuMi
   zip をダウンロードしてきて unzip で展開して Matlab から install_sedumi でインストール終了。


ここまででざっと1時間30分程度で復旧できた。


だいたいこんなことろである。

今日の作業内容：計算サーバー復旧 2h, MATLAB 共有ライブラリチェック 4h
今日のランチ：ひろ BAY とん平焼き定食
明日の予測作業時間：5h