タンパク質データと量子化学の直感

今計算しているタンパク質の１３個のデータのうち、1F39 だけが精度が低くなってしまう。
そこで、pymol で 1F39 を表示してみているが、量子化学の直感がないため、どうしてこれが開発中の手法でうまく計算できないかがよく分かっていない。
次のデータとして使っている 1RGS については、それなりの精度がでており、これと 1F39 の差のどういった点に注目すべきなのか、それが問題である。

それにしても、pymol の場合には、
PyMOL を使ってみよう
のサイトにあるスクリプトを使うと、タンパク質名が分かっていれば２行コマンドを実行するだけで３次元構造を表示してくれるので、とても便利である。
Ubuntu や Debian であれば、
$ sudo apt-get install pymol
だけでインストールできる。

今日の作業内容：pymol チェック 2h + 論文読み 3h
今日のランチ：らく 鶏の照り焼き定食
明日の予測作業時間：4h