メールの設定変更の続き

今日は、昨日にひきつづいてメールの設定変更を行っている。
おそらく、いま 40% 程度まで来たので、あと２，３日と言ったところか。
とりあえず落ち着くまでは、重要なメールを見落としていないか注意が必要そうだ。

数値実験については、時間はやはりかかっているが進んでいる。
量子化学の問題は時間がかかりすぎるようなので、もう少し絞りこみが必要かと考えている。

今日の作業内容：メール変更，数値実験確認
今日のランチ：シッダルータ　シーフードカレー
明日の予測作業時間：4h

メール環境の設定変更

迷惑メールなどが増えた関係があったので、今日は大掛かりな作業をしてメール環境を移行している。
おそらく３日ぐらいはメールが安定しないかもしれないが、必要最低限の設定はすでに終わったところだ。
まだ作業が続くので、今日は短めの記事にしておく。

今日の作業内容：メール環境
今日のランチ：らく　焼き魚定食
明日の予測作業時間：4h

QD, DD は Intel Compiler ではコンパイルできない

昨日の machine epsilon を調べる過程で解かったが、
QuadDouble, DoubleDouble のライブラリは Intel Compiler (icpc) ではコンパイルできない。

正確に書くとコンパイルも通るし実行もできるが、桁数が足りていないことがある。
DoubleDouble で確認したところでは、icpc だと double と同じ machine epsilon になってしまう。

SDPA-QD, DD をコンパイルするときには icpc ではなく gcc でコンパイルする必要がある。

今日の作業内容：machine epsilon チェック、論文読み
明日の予測作業時間：5h

machine epsilon の謎

数値実験に関して machine epsilon を確認する必要があったので調べているが、ひとつ解からないことがある。
gcc で #define されている machine epsilon が IEEE の定義の２倍になっていることである。
gcc の場合には、

http://sugarpot.sakura.ne.jp/yuno/?gcc%2Fmacro

に書かれているとおり

$ gcc -xc -E -dM /dev/null | grep EPSILON

で 2.2204460492503131e-16 であるが、IEEE の定義はこの半分である。
なかなかに難しい。


あと、数値実験については予備実験と並行して本実験用の問題の選択を行っている。
基本的に本実験の問題数は予備実験の 10分の1から100分の1程度になるので、どういう問題であれば全体の傾向を掴みつつ論文としてまとまりができるか、が重要である。

今日の作業内容：数値実験＋machine epsilon
今日のランチ：四川　鶏小松菜炒め
明日の予測作業時間：5h

SDPA-GMP を Intel Compiler でコンパイル

SDPA-GMP の数値実験用に Intel Compiler でコンパイルしようとしたがエラーが出るので、以下にコンパイル方法をまとめておく。

1. コンパイラなどを設定
export CC=icc
export CFLAGS="-O2 -openmp -DDIMACS_PRINT -std=c++0x"
export CXX=icpc
export CXXFLAGS=$CFLAGS
export FC=ifort
export FCFLAGS="-O2 -i8 -openmp"
export F77=ifort
export FFLAGS="-O2 -i8 -openmp"
2. configure をする
3. make する
ここで spooles の build がエラーで止まるので、そうしたら
   cd spooles/build
   vi timings.h
   で timings.h を編集し、 の行の後に
struct timezone {
     int tz_minuteswest;
     int tz_dsttime;
 };
   を書き込む。
  make -f makefile global
  cp spooles.a libspooles.a
  cd ../.. (SDPA-GMP のディレクトリに戻る)
  make
 
  これでコンパイルすると、最後のリンクでなぜかうまくいかないので、icpc によるリンクのコマンド(-o sdpa_gmp が指定されているのでわかる）まで来たらいつまで経ってもリンクが終わらないので Ctrl-C で強制終了し、最後のコマンドをコピーペーストする。
このあと、最後のコマンドから -static オプションと最後の -lpthread を外して、リンクしなおす。

この手順によって SDPA-GMP を Intel Compiler でコンパイルできる。


なお、昨日から行っている数値実験は 4800 問中 4300 問まできた。明日には hubbard に移れるかと思う。

今日の作業内容：SDPA-GMP コンパイル
今日のランチ：たちばな　ちらし寿司
明日の予測作業時間：5h

数値実験再開

今日から本格的に数値実験を再開。

gpp, qap については冬休み中の計算で予備計算は終了したので、あとで本計算に移行できる予定。
あと、Wolkowicz の論文のデータについては、 いま予備計算の段階。こちらは計算する問題数が多いがひとつひとつが小さいので明日のうちには終わるかと考えている。（ざっと5000問程度ある）

あと、楕円の計算については、主成分分析の計算を導入する必要がありそうなので、そちらについては明日主成分分析を復習するところから始めることにする。

今日の作業内容：数値実験進行
今日のランチ：らく　さけイクラ丼
明日の予測作業時間：3h

メールチェック

今日は仕事始めなのでメールチェックなどの軽い仕事を中心に進めた。

ところで、SDPA の論文校正はスケジュール的にかなりタイトなことに気がついた。
明日の時点でスケジュールをもう一度確認しなおしたほうがよさそうだ。