Git のリポジトリを bare に変換する

Git は、どの段階からか push したりするのは bare で作ることが標準になっている。
（初期段階からかもしれないが。）

SDPA のリポジトリは bare でない状態で維持してきてしまったので、この際なので bare に変換しようと考えている。
bare に変換するには、
http://git-scm.com/book/ja/Git-%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC-%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E7%94%A8%E3%81%AE-Git-%E3%81%AE%E5%8F%96%E5%BE%97

にあるように
$ git clone --bare sdpa7 sdpa7.git
というように --bare を付けることになる。
これを年明けに行うことにする。

今日の作業内容：SDPA-C 3h + git 調整 1h
今日のランチ：つかさ かんぱちから揚げ
明日の予測作業時間：3h

原稿についての打ち合わせ

今日は、SDPA-C の原稿について打ち合わせをした。
だいたいの方向性を確認できたので、これでとりあえずは下書きに進んでいくことになると思う。
いずれにしても、どんどんと文章を書いていくのが仕事になりそうである。

今日の作業内容：SDPA-C 打ち合わせ 2h
今日のランチ：味庵 回鍋肉
今日のディナー：餃子の王将 餃子定食
明日の予測作業時間：3h

原稿書き始め

スタートするまでに時間はかかったが、SDPA-Cについて draft を書き始めた。
まだ Introduction をかいて、予備知識に入ったところなので、まだまだ先は長そうである。
とはいっても、ダラダラと長く書くのではなく、必要な点のみをまとめて書くようにしたいと考えている。

今日の作業内容：SDPA-C 4h
今日のランチ：つかさ サーモンハラス塩焼き
明日の予測作業時間：5h

片付けなどを進める

ここにきて、ようやく少し時間が取れそうなので、まずは以下の作業をすすめた。
(1) 部屋の片づけ
(2) 資料の片づけ
(3) 検討すべきことのうち、ある程度の時間でできそうなもの

これで雑務がだいぶ片付いたので、本格的に SDPA-C の研究に入れそうである。

今日の作業内容：片づけ 4h
今日のランチ：らく 鶏の照り焼き定食
明日の予測作業時間：5h

パラメータ捜査の続き

昨日に続いてパラメータ捜査をしているが、SDPA-C の場合、極端に悪いパラメータを利用すると反復回数ばかりかかって、計算が進まないことも分かる。

普段は、「だいたいの問題によいデフォルトパラメータ」や、これまでの実験でそれなりの結果を残しているパラメータで実験を行うが、今回は0.1刻みでいろんなパラメータを実行している。
このようにしてみると、普段の実験では分からなかった点などを知ることができて面白い。

今日の作業内容：SDPA-C 0.5h
今日のランチ：サンドラッグ マルチビタミン＋チョコ＋カロリーメイト
明日の予測作業時間：4h

パラメータ捜査

ここまでの数値実験でSFSDP から生成されたSNLだと今一つ数値的安定性に欠けることが分かったが、これがパラメータの調整でどの程度回避できるかを確認する必要がある。
そのために、パラメータ捜査をして、数値実験をしている。
今は、小さい問題でチェックしており、ざっと１０００反復ぐらいが終わり、今度は後半のもう１０００反復である。

今日の作業内容：SDPA-C 0.5h
今日のランチ：サンドラッグ　カロリーメイト＋チョコ＋アミノバイタル
明日の予測作業時間：3h

Debian USB Live の LXDE でキーボードレイアウト変更

Debian USB Live で LXDE を実行しているが、日本語キーボードを英語キーボードと認識していて使い勝手がいまひとつであった。
$ dpkg-reconfigure console-data
では、コンソールは効果があるが LXDE では反映されていなかった。

LXDE で反映させるには、
$ setxkbmap -layout jp -option ctrl:swapcase
のようにすれば良かった。
これによって、キーボードが日本語レイアウトになり、また emacs キーバインドのときに便利なように caps と ctrl が入れ替わる。


ついでに、大きく時間がずれていたので
# ntpdate time.nist.gov
をしておいた。
また、LXDE のメニューが日本語になっていなかったので、
# dpkg-reconfigure locales
で "jp_JP.UTF-8 UTF-8" を選択して、日本語の部分を生成した後にログアウトして
ユーザ名 user パスワード live
で再ログインするとメニューも日本語化された。

今日の作業内容：Debian USB LIVE 0.5h + SDPA-C 1h
今日のランチ：ローソン　スープデリとカロリーメイト
明日の予測作業時間：5h

git reflog

git には reflog というコマンドがあって、それぞれのコミットが HEAD からいくつ前なのか、また、それが commit されたものなのか、pull されたものなのか、checkout されたものなのか、がわかるようになっている。

この情報は、細かい情報まで出してくれるのだが、今一つ読み方が自分ではわかっていない。
たとえば gitk は時系列順に並んでいるので、どのコミットがどの順番なのか分かりやすいのだが、git reflog の場合には、そもそもすべてのcommit がリストアップされているようではない様子だ。
このあたりは、もうちょっと勉強しておきたい。

今日の作業内容：SDPA-C 0.5h
今日のランチ：らく 焼き魚定食
明日の予測作業時間：1h

SNL の問題生成をチェック中

どうにも SDPA-C だと、SNL の問題がうまく解けていないので、そのあたりを調べていると、目的関数がけた違いに大きくなる点に気がついた。
どうやら、問題を生成している時点で若干の不具合が含まれているようである。
このあたりをもう少し詳しく見ていく必要がありそうだ。


今日の作業内容：SDPA-C 1h
今日のランチ：角笛 白身魚のエスカベッシュ
明日の予測作業時間：3h

発表練習

今日も発表練習を通して、細かいところをチェック。
すでに何回か通しているが、まだ数式に細かいミスがあるなど、修正をしておいた。
既存研究の紹介に発表の多くの時間がかかってしまうが、そのあたりはわかりやすさ重視で行こうと考えている。

今日の作業内容：発表練習 1.5h
今日のランチ：シッダルータ キーマカレー
明日の予測作業時間：3h

ゲネプロ２

今日も昨日に続いて全体を通して練習しておいた。
やはり、通して話してみるとスライドの順番などを入れ替えたほうが分かりやすく話すことができたりするので、順番の入れ替えなどを行っている。
だいたい時間としてはペース配分が分かったが、ペース配分がうまくいかなかったら自分がやっているところをサクッと話せばいいのかもしれない。

今日の作業内容：発表練習 2h
今日のランチ：角笛 ポークピカタ
明日の予測作業時間：2h

ゲネプロ

発表準備もだいぶ進んできたので、今日は時間をかけて発表全体をチェック。
時間としては、想定している発表時間よりも１０分程度短いところで終わったので、あとは質問などの時間ぐらいでなんとかなりそうな感じではある。
ただ、自分がしたところを理解してもらうために、かなりの部分を既存研究の説明に費やしているので、そのあたりのバランスが難しいところではある。

今日の作業内容：発表練習 2h
今日のランチ：信華園 レバー野菜炒め
明日の予測作業時間：3h

dmidecode と lshw

Linux を実行しているときにチップセットやメモリなどの情報を取り出したいときに、dmidecode と lshw を実行すると、かなり詳細までわかる。
例えばメモリなら周波数だけでなく、どの型番かといった情報までを表示してくれる。

これらの情報を使うと、かなり便利ではある。

今日の作業内容：発表準備の調整 1h
今日のランチ：つかさ 大根と魚のあらに
明日の予測作業時間：3h

autotools の勉強になるサイト

SDPA のコンパイルなどは autotools を用いているが、autotools の勉強としては

新しめの Autotools (Autoconf&Automake) を使ってみよう

というサイトが勉強になる。
これを読んだ後に SDPA の configure.in, Makefile.am などを読むと、修正などが必要な場合にどのように修正すべきか、などがわかりやすくなる。


今日の作業内容：発表準備 3h
今日のランチ：味庵 マーボー春雨
明日の予測作業時間：4h

どうでもいいバグに時間を取られる

今日は、Matlab のプログラムを少し書いていたが、どうでもいいバグにはまって、案外時間を取られてしまった。

関数の引数に
function [matrix1] = generateMatrix(size)
と size を指定してしまったがために、プログラムのずっと後半で行列のサイズ確認に
size(matrix1)
をしようとして不可解なエラーとなってしまった。

このあたりは、初歩的なミスでありながらも、一度はまると簡単には抜け出せないので、案外苦労する。

今日の作業内容：プログラム 2h
今日のランチ：らく　まぐろのづけ丼
明日の予測作業時間：5h

発表スライド１枚追加

今日は、あまり時間が取れず、発表スライドを１枚追加しただけで終わり。
もう少し時間を確保したいところだ。

今日の作業内容：スライド作成 0.5h
今日のランチ：シッダルータ ベジタブルカレー
明日の予測作業時間：3h

発表準備の続き

他の作業の合間を使って発表資料準備の続きをしている。
だいたいの流れまでは作ったので、あとは数値実験の結果が入ってくるのを待つことになる。
やはり、数値実験は時間がかかるので、もう少し日にちがかかりそうだ。

今日の作業内容：数値実験 1h
今日のランチ：つかさ サーモン照り焼き
明日の予測作業時間：3h

dpkg -S

dpkg -S を使うと、どのファイルがどのパッケージからインストールされているかを調べることができて便利である。

たとえば、libf2c.a をリンクしているソフトを別のサーバでコンパイルしようとしたときに、libf2c.a が入っているパッケージをインストールしなければならないが、このときにはlibf2c.a がすでに入っているところで

$ dpkg -S libf2c.a
libf2c2-dev: /usr/lib/libf2c.a

により

$ sudo apt-get install libf2c2-dev

でパッケージをインストールすることができる。

ちなみに、この情報は Web で検索なら

http://www.debian.org/distrib/packages

にアクセスすればよい。

下のほうの[パッケージの内容を検索]のところでキーワードに libf2c.a を入力して、[キーワードを含む名前のファイルを含むパッケージ]をチェックして、検索する。

今日の作業内容：発表資料作成 4h

今日のお昼：サイゼリヤ ハンバーグオニオンソース＆牛挽肉コロッケ＆ソーセージ

明日の予測作業時間：3h

Linux でCPU負荷テスト

CPU が何度ぐらいまで上昇するかを知るために、Linux で負荷テストをしてみた。

まずは、Debian の Live USB を作成した。これには
debian-wheezy-live-a2-amd64-lxde-desktop.iso
をダウンロードしてきて、
unetbootin-windows-581.exe
で 1GB の USB メモリにインストールした。ひとつ前の squeeze では LAN を認識できなかったので、alpha 版ではあるが wheezy にした。これで LAN を自動的に認識できた。

ちなみに、Live USB は起動すると自動ログインされるが、一度ログアウトすると再度ログインするのにパスワードが必要で、そのときには
ユーザ名：user パスワード：live
を利用する。

LXDE でログインできているが、日本語キーボードになっていないので、
$ sudo -s
# apt-get install console-data
としてみて、再度ログインしてみたが日本語キーボードには変わらず。英語配列のままで、とりあえず入力をする。

CPU 温度測定のために sensors コマンドを入力できるようにする。途中の sensors-detect では、基本的にデフォルトのまま答えるので、すべてエンターキーで回答。
# apt-get install lm-sensors
# sensors-detect
# sensors

負荷をかけるコマンドとして stress をインストール
# apt-get install stress
使用方法は、こちらが詳しい。
http://blog.livedoor.jp/hakin/archives/51027033.html
今回は、とりあえず

$ stress --cpu 2 --vm-bytes 16G --timeout 5m

で軽く負荷をかけて、
$ stress --cpu 8 --vm-bytes 32G --timeout 1h

で本格的に負荷をかけている。

sensors は 10秒置きに表示をさせている。

# while [ 1 = 1 ]; do sensors; sleep 10; done

今の部屋の気温は２０度以下であるが、完全に負荷をかけると 80 度まで到達する。

これはかなりの温度までなっているといえそうである。

今日の作業内容：CPU負荷テスト 2h

今日のランチ：味庵 豚の角煮と厚揚げの煮込み

明日の予測作業時間：5h